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gli effetti indesiderati più comuni associati a rapamune (osservati in oltre 1 paziente su 10) sono infezione del tratto urinario (gli organi attraverso i quali fluisce l’ urina), trombocitopenia (basso numero di piastrine), anemia (basso numero di globuli rossi), ipopotassiemia (bassi livelli di potassio nel sangue), ipofosfatemia (bassi livelli di fosfati nel sangue), ipercolesterolemia (livelli elevati di colesterolo nel sangue), iperglicemia (livelli elevati di zucchero nel sangue), ipertrigliceridemia (livelli elevati nel sangue di trigliceridi, un tipo di grasso), mal di testa, linfocele (accumulo di liquidi attorno al rene), ipertensione (pressione sanguigna elevata), dolore addominale, diarrea, stitichezza, nausea, acne (brufoli), artralgia (dolori articolari), edema periferico (gonfiore, di solito alle gambe), piressia (febbre), dolori, aumento della lattatodeidrogenasi nel sangue (indice della distruzione dei tessuti) e aumento dei livelli ematici di creatinina (un marcatore di problemi renali).
visbiežāk novērotās nevēlamās rapamune blakusparādības (vairāk nekā vienam pacientam no desmit) ir urīnceļu infekcija (infekcija urīna izvadsistēmas orgānos), trombocitopēnija (mazs asins plātnīšu skaits), anēmija (mazs eritrocītu skaits), hipokaliēmija (mazs kālija līmenis asinīs), hipofosfatēmija (mazs fosfāta līmenis asinīs), hiperholesterinēmija (augsts holesterīna līmenis asinīs), hiperglikēmija (augsts cukura līmenis asinīs), hipertrigliceridēmija (augsts triglicerīdu – tauku veida – līmenis asinīs), galvassāpes, limfocēle (šķidruma uzkrāšanās ap nieri), hipertensija (augsts asinsspiediens), sāpes vēderā, caureja, aizcietējumi, nelaba dūša, pūtītes (raibumi), artralģija (sāpes locītavās), perifēra tūska (satūkums, parasti kājās), pireksija (drudzis), sāpes, paaugstināts laktātdehidrogenāzes līmenis asinīs (audu sabrukšanas rādītājs) un paaugstināts kreatanīna līmenis asinīs (nieru darbības traucējumu rādītājs).